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转录组测序服务

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简介

　　转录组测序是指利用高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。转录组测序除了可对转录本进行更加准确的定量外，还可进行更为复杂的序列分析，如新转录本和罕见转录本发现、 cSNP和 InDel鉴定、可变剪切鉴定、 lncRNA和UTRs鉴定等，获得更为精确完整的基因表达图谱和突破性的发现。

技术路线

结果列表

	有参转录组测序	无参转录组测序	基因表达谱测序
样品要求	RNA样品总量≥10μg且RNA样品浓度≥50 ng/μL
文库类型	普通转录组文库或链特异性转录组文库
分析内容	参考基因组比对	参考转录组拼接	基因表达水平分析
	新转录本预测	转录本/Unigene长度统计	RNA-seq整体质量评估
	可变剪切分析	基因功能注释	表达差异分析
	SNP/InDel分析	CDS预测分析	GO/KEGG富集分析
	基因表达水平分析	SNP/SSR分析	蛋白互作网络分析
	RNA-seq整体质量评估	基因表达水平分析	基因共表达网络构建
	转录因子注释	RNA-seq整体质量评估	可视化结果展示
	GO/KEGG富集分析	GO/KEGG富集分析
	蛋白互作网络分析	蛋白互作网络分析
	基因共表达网络构建	基因共表达网络构建
	lncRNA相关分析	lncRNA相关分析

结果展示

1、转录本长度分布图

2、可变剪切分析

3、GO功能分析

4、Pathway 富集分析（红色标记为差异基因）

5、差异基因共表达网络图

6、差异基因蛋白网络互作网络图

样品要求

1、总RNA：浓度≥200 ng/μl，总量≥10 μg；

2、组织样品：动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品。

3、血液2ml以上，血清1ml以上。

4、保存在超低温冰箱中，利用干冰运输。

参考文献

1、Kawahara Y, Oono Y, Kanamori H, et al. Simultaneous RNA-seq analysis of a mixed transcriptome of rice and blast fungus interaction. PLoS One, 2012, 7(11): e49423.

2、Marcos Simo˜es-Costa, et al. Transcriptome analysis reveals novel players in the cranial neural crest gene regulatory network. Genome Research, 2014, 1088-9051: 1–12.

3、Zhu G, Zhong D, Cao J, et al. Transcriptome profiling of pyrethroid resistant and susceptible mosquitoes in the malaria vector, Anopheles sinensis[J]. BMC genomics, 2014, 15(1): 448.

4、Hu J, You F, Wang Q, et al. Transcriptional Responses of Olive Flounder (Paralichthys olivaceus)to Low Temperature[J]. PloS one, 2014, 9(10): e108582.

5、Huan Chen, Fa-Wei Wang, Yuan-Yuan Dong, et al. Sequence mining and transcript profiling to explore differentially expressed genes associated with lipid biosynthesis during soybean seed development. BMC Plant Biology, 2012, 12: 122-136.

6、Vagmita Pabuwal, Mikki Boswell, Amanda Pasquali, et al. Transcriptomic analysis of cultured whale skin cells exposed to hexavalent chromium [Cr(VI)]. Aquatic Toxicology, 2013, 134-135: 74-81.