简介

       Small RNA是一类重要的体内调节分子，长度在18-30nt之间，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，从而调节细胞生长、分化，以及个体发育、生殖等重要生物学过程。高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量，从而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。

一、技术路线



二、数据分析内容

（1）原始数据产出统计

（2）已知 small RNA注释：miRNA, siRNA, PiRNA, snoRNA,rRNA等

（3）miRNA 长度分布分析

（4）预测新的 miRNA

（5）miRNA同源性结构分析

（6）miRNA表达谱聚类分析

（7）miRNA差异表达分析

（8）miRNA靶基因预测

（9）靶基因Pathway和Gene Onlotogy富集分析

（10）与mRNA进行关联分析（需要有mRNA数据）

三、结果示例

1、序列长度分析



2、预测新miRNA



3、靶基因调控图






四、样品要求

1、总RNA：浓度≥200 ng/μl，总量≥10 μg；

2、组织样品：动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品。

3、血液2ml以上，血清1ml以上。

4、保存在超低温冰箱中，利用干冰运输。

五、参考文献

1、Carol Ying-Ying Szeto, Chi Ho Lin, Siu Chung Choi, et al. Integrated mRNA and microRNA transcriptome sequencing characterizes sequence variants and mRNA–microRNA regulatory network in nasopharyngeal carcinoma model systems. FEBS OpenBio, 2014, 4: 128–140

2、Wang X, Yang L, Wang H, Shao F, Yu J, et al. (2014) Growth Hormone-Regulated mRNAs and miRNAs in Chicken Hepatocytes. PLoS ONE, 9(11): e112896