简介

　　　环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（比如16S/18S/ITS测序）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。

　　环境微生物群落多样性分析，一般是利用MiSeq 等第二代高通量测序平台，由于其测序读长较短，测序长度无法覆盖整个16S/18S/ITS 全长。而第三代测序仪Pacbio 由于序列读长长，可完整覆盖其全长区域，所以在后期的分析中可以将微生物群落分类到种（species）。

生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. OTU生成和注释

3. 基于物种丰度分析：    ♦稀释曲线    ♦丰度分布曲线    ♦Alpha多样性分析    ♦物种丰度差异分析

4. 基于群落结构分析：   ♦单样品物种分布饼图    ♦多样品物种分布柱图    ♦含进化关系的物种丰度　♦Beta多样性分析

5. 根据客户需求进行个性化分析

结果展示

　　            单样品群落结构饼图

　　           多样品群落结构柱状图

　　       多样品分类学比对树状图

                      PCA分析图

样品要求

1、样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。

2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议采用专用试剂盒提取。提供浓度≥20 ng/μl，总量≥500 ng的基因组DNA，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。组织样品＞1.5 g。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。